1988年7月，关东地区使用新型炸弹进行爆破，第三次世界大战即刻爆发。31年后，人类从一片废墟中重建都市，东京湾上建立了巨大城市——新东京。世界仿佛要恢复到以前的繁荣。

作风粗暴的警官我妻谅介（北野武 饰）在警匪两界颇具名望，也因此结下不少仇家。在某次追查毒品贩子遇害事件时，顺藤摸瓜查到青年实业家仁藤（岸部一德 饰）为幕后指使。同时发现，其警局好友岩城（平泉城 饰）亦在毒品犯罪中占据重要位置。然调查才刚展开，岩城即被仁藤麾下杀手（白龙 饰）杀害，并伪装成自杀现场。

某日，双叶幼稚园的孩子们正在船屋里愉快的玩耍，一位名叫美色（三石琴乃 配音）的神秘人物忽然现身，紧接着，一艘巨大的飞船将船屋整个抓了起来，来不及逃跑的风间（真柴摩利 配音）和小新（矢岛晶子 配音）等人和飞船一起消失在了空中。

卡里奥斯特罗，一个位于欧洲人口只有3500人的小国家，却是世界上最逼真的伪钞——山羊之钞的发源地。其伪钞之真，连鲁邦三世这样的大盗都险些被其蒙蔽。鲁邦和伙伴旅行至此，恰巧遇见正被一伙暴徒追赶的美丽少女克拉丽斯。鲁邦出手相救，却从少女遗留下的戒指上若有所悟。原来是多年前鲁邦曾来此寻找过山羊之钞的下落，