故事的主人公黑铁一辉虽有着成为能将灵魂转化为魔剑的“魔导骑士”的目标，但由于自身没有魔法方面的才能而被他人戏称为“落第骑士”。不过，在与来自异国的公主——有名且最强的“A级骑士”史黛菈・法米利昂相遇后，一辉的学院生活发生了改变。

2012年2月，东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅（20岁）和V仔兽修行拉面技艺的时候，遇到了虽然拿着有裂纹的数码器，但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽，我的搭档数码兽被我杀了，我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。”

父母2年前突然离世后，只有四兄弟互相扶持……

沐浴后能致死的剧毒之雨“Blue Cyst”所导致的大灾难“新月之泪”。在那之后经过100多年的时间，人类终于开始走上了克服这一灾难的道路。在荒废世界的村落“Nest”中坚强生活的人们身边，发现了搭载类双对思考型AI的类人“梅加斯”的身影。